口内炎はなかなか治りにくいですね。 また、あまり良く効く薬もないです。痛みのために口の中を触られることをいやがるかもしれませんが、歯磨きはきちんとしてあげましょう。
食欲が低下したり、発熱などの症状が出た時に、小児科医を受診されると良いかと思います。